Projekt je vodio Sidney Gottlieb, ali je započeo po nalogu direktora CIA-e Allena Dullesa 13. travnja 1953. godine. Cilj mu je bio razviti lijekove koji kontroliraju um za upotrebu protiv sovjetskog bloka kao odgovor na navodnu sovjetsku, kinesku i sjevernokorejsku upotrebu tehnika kontrole uma na američkim ratnim zarobljenicima tijekom Korejskog rata.
Projekt MK-Ultra bio je ilegalni program koji je osmislila i poduzela Američka središnja obavještajna agencija (CIA), kako bi eksperimentirala na ljudima , a namijenjen je razvoju postupka i identifikacije lijekova koji bi se mogli koristiti u ispitivanju ne bi li prilikom ispitivanja osumnjičenih prisilila priznanja.
Program je započeo 1953. godine, a zaustavljeno je 1973. godine. MK-Ultra je koristio brojne metode za manipuliranje mentalnim stanjima i moždanim funkcijama svojih ispitanika, kao što su prikrivena primjena visokih doza psihoaktivnih lijekova (posebno LSD-a) i drugih kemikalija bez pristanka ispitanika, elektrošokovima, hipnoze, senzorne deprivacije, izolacije, verbalnog i seksualnog zlostavljanja , i druge oblike mučenja.
Organiziran je preko CIA-inog Ureda za znanstvenu obavještajnu službu i koordiniran s laboratorijima za biološko ratovanje vojske Sjedinjenih Država. Program se bavio ilegalnim aktivnostima, uključujući korištenje američkih i kanadskih državljana kao nesvjesnih ispitanika. Više od 7,000 američkih veterana sudjelovalo je u tim eksperimentima bez pristanka tijekom 1950-ih do 1970-ih, od kojih su mnogi tužili kasnije. Opseg MK-Ultre bio je širok, s aktivnostima provedenim pod krinkom istraživanja u više od 80 institucija osim vojske, uključujući fakultete i sveučilišta, bolnice, zatvore i farmaceutske tvrtke. CIA je djelovala koristeći prednje organizacije, iako su neki najviši dužnosnici u tim institucijama bili svjesni sudjelovanja CIA-e.
U područjima pod američkom kontrolom početkom 1950-ih u Europi i istočnoj Aziji, uglavnom Japanu, Njemačkoj i filipinima, CIA je stvorila tajne prihvatne centre kako bi SAD mogao izbjeći kazneni progon. CIA je uhvatila ljude za koje se sumnja da su neprijateljski agenti i druge ljude za koje je smatrala da su “potrošna roba” za poduzimanje različitih vrsta mučenja i ljudskih eksperimenata na njima. Zatvorenici su ispitivani dok su im davali psihoaktivne lijekove, elektrošokovi i bili podvrgnuti ekstremnim temperaturama, osjetilnoj izolaciji i slično kako bi razvili bolje razumijevanje kako uništiti i kontrolirati ljudske umove.
MK Ultra je film objavljen 2022. godine na temelju eksperimenata projekta MK Ultra. Prati psihologa kojeg glumi Anson Mount dok se spušta u vladinu zavjeru CIA-inih eksperimenata.